南宗北宗
孔子是儒家思想的奠基人，更是中华文化的象征和集大成者。在中国文化里，所谓正宗，大而言之，和正统、正朔意一也。在传统概念里，上至皇家，下到平民，衣钵传承的问题上，自古礼制皆是立嫡、立长，宗法制度更是是中国传统社会的核心要素。而作为圣人之家，孔子后裔的袭封，更是一向严格遵守宗法礼制，以嫡长承袭封爵。但历史的因缘际会，却出现了孔氏的南北二宗。
靖康之难后，康王赵构即皇帝位，是为宋高宗。建炎二年（1128年）十一月，宋高宗赵构于扬州行宫举行继统后首次祀天大典，时孔子48代孙、衍圣公孔端友与堂叔孔传扈驾南渡，离曲阜去扬州奉诏陪祀。后孔端友返回曲阜，因金兵大举入侵，遂恭负传家宝“孔子及亓官夫人楷木像”、“唐吴道子绘孔子佩剑图”和“至圣文宣王庙祀朱印”等，与部分族人南迁，后家于浙江衢州，此即孔氏南宗之由来。
孔端友扈驾南渡时，嘱其胞弟端操留守曲阜，代为祖庙墓庐祭祀及族务。因金兵肆虐，焚烧孔庙，不久孔端操愤懑而亡。在衢州的孔端友无嗣，以其弟端操四子孔玠承继；而金兵入主中原后，，刘豫在伪阜昌二年（公元1131年）将孔端友之弟孔端操的次子孔璠封为“衍圣公”，主持孔庙祭祀。，金熙宗天眷二年（1139年），仍封孔璠为“衍圣公”。
在衢州的衍圣公一系，自端友以降，传五世而至洙，宋亡遂失爵：端操子49代孔玠、50代孔搢、51代孔文远、52代孔万春、53代孔洙均享宋“衍圣公”之封爵。
北宗孔璠是南宗孔玠的胞兄，其后传子于50代孔拯（拯无嗣，由其弟孔摠承袭。）孔摠生二子：51代元措、元紘；元措亦无嗣，由其弟元紘之孙孔浈为嗣孙。孔浈系元措侄子侧室所出，曾随生母遭嫡母之逐出，长大后复被孔元措领回作继承人，又引起元措之婿嫉恨。蒙古人搞的“户籍制”填造户籍，元措之婿将其填报于李氏门下。后因此故，孔浈被其他孔氏族人攻击为不是孔子圣裔，被免去“衍圣公”封爵。自元宪宗八年（1258）孔子53代孙孔浈被虢夺封爵后，北宗衍圣公封爵中断43年。在这一段时间内，“衍圣公”袭爵随着宋金元的战争而不断变化。更因之出现了宋金元三个衍圣公。
在51代孔元措就任衍圣公期间，金宣宗贞祐三年（1215）七月，诏令孔元措随朝就职，曲阜祭祀事物由元措交由其族兄孔元用代摄。元灭金，元太宗复令元措继续袭衍圣公，主奉祀事；孔元用，孔宗愿三子、47代若愚五世孙，元措奉诏赴汴京后，代行曲阜奉祀和族务。金宣宗兴定四年（1220）五月，蒙古太师木华黎经略山东，奉成吉思汗令，颁元用四品印信，令其袭衍圣公爵；宋嘉定十七年（1224）宋军收复山东，授元用通直郎。次年、宋宝庆元年（1225）又命元用袭封衍圣公，世袭仙源县令。元用卒，其子52代孙孔之全袭封。元宪宗八年（1258）53代孔浈被虢夺封爵后，直至元成宗元贞元年（1295），复由孔之全子、53代孔治袭封衍圣公。孔治生子54代孔思诚，亦袭封爵（后遭罢黜）。
宋亡。元至元十九年（1282）忽必烈议立孔子后，众臣以寓衢者为大宗。遂召南宗53代衍圣公孔洙赴阙，欲令其载爵回曲阜主持奉祀。孔洙以南宗先世墓庐在衢，难以离去，且感恩于曲阜族人守茔护庙，有功于祖，愿让爵于曲阜宗弟孔治，并以母老为由，乞求南还。
由是而知，孔洙让爵实为辞爵。且元政府官订衢州孔氏家规悬于南孔家庙，要求孔氏南宗子孙严守本分，遵崇制典，不得觊觎北宗衍圣公之职。为恐后世南北两派子孙“互相嫌隙，妄起争端”，因此严立规戒，“行令在衢子孙永遵制典，恪守祖风”，“有违者以不忠不孝论，审之重典，永不叙录”。规定“南渡孔氏子孙，每十年一赴阙里，谒拜圣祖家庙，祭扫山林……就令会同南北宗谱，开保历代子孙名讳，居曲阜县者书引于前，居衢州府者书引于后……且以见我国家一统文明之化普及南北……”。
元延佑三年（1316年），孔氏族人因认为世袭衍圣公54代孔思诚（孔治之子）出于旁支，非孔氏嫡长，上书请求改易长支孔浣之子孔思晦为世袭衍圣公。时元仁宗征询大臣元明善意见，明善告答确为孔思晦。后元仁宗又亲自查阅孔氏宗谱，认定应该册封孔思晦为世袭衍圣公，孔思晦也就是后来历代衍圣公的先祖。
南宗失爵后，地位日衰，一度猥如庶氓。直至明弘治十八年（1505），由衢州知府沈杰奏请朝廷，于正德六年（1506）方授孔彦绳为将仕郎、世袭翰林院五经博士。自此，中断了250年之久的南宗孔氏，始又袭封，享受衍圣公次子之待遇。但孔彦绳身后，明政府又是数代未封。直至清顺治九年（1652），由65代孔衍桢复又承袭翰林院五经博士衔。
明朝承继了中国正朔，确定衍圣公为孔氏大宗主。南宗五经博士和颜氏、孟氏、曾氏之袭封五经博士完全一样，均受衍圣公之节制。南宗兼代衍圣公管理南宗孔氏族务。明太祖朱元璋承认元朝所封的衍圣公为正宗，清朝皇帝继续承认明朝所封的衍圣公为正宗，一直到77代孙孔德成先生，都是按照严格的宗法制度以嫡亲长子承袭的。从45代到77代，衍圣公的爵位共传承32世，历时880余年，先后承袭者41人。