越过杏坛便是大成殿，这是孔庙的主殿，它和北京的故宫太和殿、泰安岱庙天贶殿并称东方三大建筑，又称东方三大殿。

大成殿唐代时称文宣王殿，为五间。宋天禧五年（公元1021年）大修时，移今址并扩为七间。宋崇宁三年（公元1104年）徽宗赵佶取《孟子》：“孔子之谓集大成”语义，下诏更名为“大成殿”，清雍正二年（公元1724年）重建，九脊重檐，黄瓦覆顶，多式斗拱，雕梁画栋，八斗藻井饰以金龙和玺彩图，双重飞檐正中竖匾上刻清雍正皇帝御书“大成殿”三个贴金大字。殿高24.8米，阔45.69米，进深24.85米，座落在2.1米高的殿基上，为全庙最高建筑。

四周环有28根用整个石头雕成的龙柱，工艺精湛，造诣很深。尤其殿前廊10株深浮雕的滚龙柱实为世之罕见，10棵柱子20条龙，上下对翔，升腾盘绕戏一颗珠子，神态各异，无一雷同，越看越有动意，跃然石上栩栩如生。这是徽州工匠的杰作。皇帝来曲阜朝孔时，孔家都用黄绫把龙柱裹起来，不让皇帝直接看到龙柱，因为超过了金銮殿，怕皇帝不高兴，加以责怪。其余18根柱是八棱的浅浮雕龙柱，一个棱面刻九条龙，每根柱子八个棱，八九72条龙共计雕刻1296条龙。这是罕见的石刻艺术瑰宝。总览大成殿雄伟壮观。

大成殿内供奉着17尊像，他们是五圣十二哲。五大圣人为至圣孔子，意为圣人中的圣人，至高无上。，头戴十二旒之冕，身穿十二章王服，手持震圭，威严肃穆，使人肃然起敬。两侧为四配：东边是复圣颜子，述圣子思；西边是宗圣曾子，亚圣孟子。十二哲东头六位，西头六位，称十二先哲，有子贡、子路、冉求等11位孔子的弟子，有一位是宋朝朱熹，著名理学家，五经四书解释的好，被封为先哲。

大成殿内外悬挂着清代自康熙以来九位皇帝御笔书额的木匾。依次为康熙皇帝于康熙二十三年（公元1684年）御笔题书“万世师表”；雍正皇帝于雍正三年（公元1725年）御笔题书“生民未有”。乾隆皇帝于乾隆二年（公元1737年）御笔题书“与天地参”。嘉庆皇帝于嘉庆四年（公元1799年）御笔题书“圣集大成”。道光皇帝于道光元年（公元1821年）御笔题书“圣协时中”。咸丰皇帝于咸丰元年（1851年）御笔题书“德齐帱载”。是光绪元年（1875年）光绪皇帝御书“斯文在兹”。清末宣统皇帝题书“中和位育”。

大殿外高悬雍正御笔“生民未有”匾，语出孟子：“生民未有盛于孔子也”，意为有人类以来，还没有全面超过孔子的人，所以叫“生民未有”。殿中正上方高悬康熙御笔“万世师表”匾，意为孔子乃“千秋帝王之师，万世人伦之之表”，既皇帝的老师，做人的表率。“斯文在兹”是光绪写的，意为天下的文化都在这里。乾隆帝御书“与天地参”，在大门上方，与“万世师表”相对，语出《中庸章句》，意为孔子地位与天地并列。

孔子龛前陈设有香炉等物。

殿内陈列着举行祭礼时的的乐器。

沿大成殿回廊后转，又一座重檐大殿矗立在眼前，它是孔庙三大建筑之一的寝殿。寝殿阔7间，深4间，间金妆绘，枋檩游龙和藻井团凤均由金箔贴成，回廊22根擎檐石柱浅刻凤凰牡丹一如皇后宫室制度，殿内神龛木雕游龙戏凤，精美异常，龛内有木牌，上书至圣先师夫人神位。

亓（音“其”）官氏，礼器碑作并官氏，宋国人，19岁嫁与孔子，先孔子七年去世，她的情况古籍很少记载，直到大中祥符元年（公元1008年），才被宋真宗赵恒追封为郓国夫人，元至顺三年（公元1332年）又被加封为大成至圣文宣王夫人，明嘉靖八年（公元1529年）孔子改称至圣先师，她也被称为至圣先师夫人。孔子死后，“即孔子所居之堂为庙”，亓官氏即同孔子一起被祭祀，唐代始有寝殿专祠，早期曾有塑像，清雍正火后重修时已为神主牌位，上罩木刻神龛，龛前置供桌。

圣迹殿是以保存记载孔子一生事迹的石刻连环画圣迹图而得名的大殿。此殿位于寝殿之后，独成一院，是孔庙最后的第9进庭院。

殿系明万历二十年（公元1529年）巡按御史何出光主持修建的。孔庙原有反映孔子事迹的木刻图画，他建议改为石刻，由杨芝作画、章刻石，嵌在殿内壁上，这就是为数120幅的“圣迹图”。

圣迹图每幅约宽38厘米，长60厘米，其所表现的圣迹从颜母祷于尼山生孔子，到孔子死后子弟庐墓为止，并附有汉高祖刘邦、宋真宗赵恒以太牢祀孔子二幅。其中有人们熟知的“宋人伐木”、“苛政猛于虎”等孔子一生的主要活动和言论，是我国第一本有完整人物故事的连环画，具有很高的历史价值和艺术价值。